از سال 1335 ، همزمان با مستقل شدن دانشکده دندانپزشکی ، سرپرستی بخش کودکان به عهده آقای دکتر مستوفی گذاشته شد. با درگذشت آقای دکتر مستوفی در تاریخ 26 اردیبهشت 1344 ، سرپرستی بخش کودکان به آقای دکتر میزانی که از اساتید بخش ارتودنسی بودند سپرده شد؛ چرا که در آن زمان بخش کودکان وابسته به بخش ارتودنسی بود.

پس از بازنشستگی آقای دکتر میزانی از تاریخ 6 بهمن 1348، مسئولیت بخش کودکان تا سال 1357 به عهده آقای دکتر هوشنگ برجیان بود. بعد از ایشان خانم دکتر ژاله محمودیان، آقای دکتر علی کوثری، آقای دکتر حسین افشار، آقای دکتر مهدی قندهاری، آقای دکتر سید جلال پورهاشمی، آقای دکتر بهمن سراج و آقای دکتر مهدی شهرابی گروه دندانپزشکی کودکان را مدیریت کردند و در حال حاضر مدیریت این بخش به عهده خانم دکتر سعیده مختاری می باشد.