تاریخچه زیر برگرفته از سخنان آقای دکتر  مرتضی مصفا (دندانپزشک پیشکسوت) دانشکده دندانپزشکی دانشگاه علوم پزشکی تهران است.

تا سال 1302، مدرسه طب، داروسازی و وزارت معارف در ساختمان دارالفنون قرار داشتند. در زمان ناصرالدین شاه، هایبنت سوئدی به سمت دندانساز استخدام و 35 سال در ایران ماند. بنابر پیشنهاد دکتر ملچارسکی لهستانی( دندانساز مخصوص دربار) از طرف دربار دستور تأسیس مدرسه دندانسازی، به اعتمادالدوله قره گزلو، وزیر معارف وقت، داده شد و مدرسه دندانسازی در سال 1309 تأسیس گردید. به پیشنهاد سلیمان میرزا، وزیر معارف وقت، پارک اتابک متعلق به ظل السلطان پسر ناصرالدین شاه به مبلغ 39 هزار تومان خریداری و در نتیجه مدرسه طب، داروسازی و وزارت معارف، به محل جدید خیابان اکباتان منتقل گردید و دو اتاق و یک زیرزمین به مدرسه دندانسازی داده شد. سپس به علت کمبود جا، مدرسه دندانسازی به ساختمان سعدالدوله واقع در چهار راه مخبرالدوله و بعداز آن به بیمارستان معتمد واقع در خیابان آقا شیخ هادی و سرانجام بعد از احداث دانشگاه فعلی به آن مکان منتقل گردید. در تمام این مدت، مدرسه دندانسازی وابسته به مدرسه طب بود، ولی از سال 1335 مستقل گردید و در 26 بهمن 1322 مدرسه دندانسازی به دانشکده دندانپزشکی تغییر نام یافت.
از زمان تاسیس مدرسه دندانسازی در سال 1309 تا سال 1313ریاست آن با دکتر ملچارسکی و معاونت آن را دکتر محسن سیاح برعهده داشت که این دو به همراه آشوت هارتونیان و شهریار سلامت که هردو کارآموز بودند، هیأت علمی دانشکده محسوب می شدند. دکتر محمود سیاسی، دکتر حیدر سرخوش و دکتر حسن ریاض بعد از اتمام تحصیلات در خارج از کشور و بازگشت به تهران، به عنوان دانشیار به استخدام دانشکده درآمدند که در سال 1328 همین افراد معدود هیأت علمی دانشکده را تشکیل می دادند.
در سال تحصیلی 1314-1313 تعداد فارغ التحصیلان: 10 نفر، 1315-1314 تعداد فارغ التحصیلان: 9 نفر، 1316-1315 تعداد فارغ التحصیلان: 20 نفر، 1317-1316 تعداد فارغ التحصیلان: 10 نفرو 1318-1317 تعداد فارغ التحصیلان 8 نفر بوده است.
در ابتدا شرط ورود به مدرسه دندانسازی داشتن سیکل (کلاس 9) بود و دوره مدرسه دندانسازی 3 سال بود. از سال 1318 شرط ورودی به مدرسه دندانسازی، دیپلم کامل متوسطه گردید و طول دوره 4 سال شد، در سال 1333 دوره 5 ساله و از سال 1346طول دوره مدرسه 6 ساله گردید.
از سال 1309 تا 1313 دکتر فالک کوش ملچارسکی، از سال 1313 تا 1325 دکتر محسن سیاح، از سال 1325 تا 1330 دکتر حیدر سرخوش، از سال 1330 تا 1335 دکتر محمود سیاسی، در سال 1335 در زمان ریاست دانشگاهی دکتر منوچهر اقبال، دانشکده مستقل گردید، در این سالها یعنی از سال 1335 تا 1347، ریاست دانشکده مجددا برعهده دکتر محسن سیاح بود.
ریاست دانشگاه در سال 1347 تا 1348 همزمان با انقلاب آموزشی رامسر، با پروفسور رضا بوده و دانشکده دندانپزشکی با 2 معاون آموزشی و اداری (دکتر اسماعیل یزدی و دکتر اصغر اشرفی) اداره می گردید. در سال 1350-1348 ریاست دانشگاه، دکتر علی نقی علیخانی و ریاست دانشکده دکتر اسماعیل یزدی بود. سرپرست دانشکده دندانپزشکی در سال 1352-1350 دکتر مرتضی معین زاده، از سال 1352 تا 1354 دکتر عمران بختیاری و طی سالهای 1357- 1354 دکتر نیک زاد جاوید بوده است. با شروع انقلاب در سال 1357، دانشگاه و دانشکده رییس نداشت و از طریق شورای هماهنگی اداره می شد.
شورای هماهنگی در تاریخ 16 اسفندماه 1357، دکتر پرویز بنی کریم را به عنوان سرپرست موقت دانشکده برگزیدند. بعد از آن دکتر مهدی فرمند و سپس دکتر داود توسلی (1359 تا 1360) تا قبل از انقلاب فرهنگی، ریاست دانشکده را بر عهده داشتند. بعد از بازگشایی دانشگاه، دکتر اکبر فاضل نجف آبادی به مدت 8 سال(1360 تا 1368)، دکتر سید جلال پورهاشمی به مدت 5 سال (1369 تا 1374)، دکتر حسن درریز به مدت 2 سال(1374 تا 1376)، دکتر فرشته بقائی نائینی به مدت 8 سال (1376 تا 1384) ، دکتر عباس منزوی به مدت 5 سال (1384 تا 1389)، دکتر اکبر فاضل نجف آبادی به مدت 3 سال(1389 تا 1392)،  دکتر محمد بیات به مدت  4 سال (1392 تا 1396) و دکتر امیررضا رکن به مدت 4 سال (1396 تا 1400) و دکتر زینب کدخدا به مدت 1 سال (1400 تا 1401) ریاست دانشکده را بر عهده داشتند و دکتر مهدیه السادات موسوی از سال 1401 تا کنون ریاست دانشکده را به عهده گرفته اند.

دانشکده دندان‌پزشکی تهران در سال ۱۳۸۸ از محل سابق خود در ضلع شمالی دانشگاه تهران، به ساختمان جدید در خیابان کارگر (امیرآباد) شمالی منتقل گردید.